Mô hình từ Đài Loan

Giả thuyết đã có vốn được chấp nhận rộng rãi, gọi là "Mô hình từ Đài Loan", cho rằng người Austronesia hiện đại có nguồn gốc từ Đài Loan phát tán đến vào quãng giữa 5 và 3 Ka BP. Giả thuyết này dựa trên các bằng chứng khảo cổ và ngôn ngữ, trong đó các ngôn ngữ Nam Đảo hiện được phân loại thành 10 chi, thì đã có 9 là các chi Formosa chỉ gặp ở Đài Loan.

Mô hình Sundaland

Tuy nhiên các nghiên cứu di truyền học mới, và được nêu là "Mô hình Sundaland" đang phản bác lại mô hình trên. Soares et al. (2008) dựa trên nghiên cứu ADN ty thể đã cho rằng họ có nguồn gốc từ vùng thềm Sunda (Sundaland) thời tiền-Holocene cổ hơn[lower-alpha 1], và họ đã phát triển trong khoảng thời gian dài ở đó[5]. Gần đây là nghiên cứu từ Đại học Leeds và được xuất bản năm 2011 trong tạp chí Sinh học phân tử và tiến hóa (Molecular Biology and Evolution), xác định rằng kiểm tra dòng ADN ty thể cho thấy rằng họ đã phát triển trong vòng đảo Đông Nam Á (ISEA) cho một khoảng thời gian dài hơn so với dự đoán trước đây. Tổ tiên của người Polynesia đến các quần đảo Bismarck của Papua New Guinea ít nhất là từ 6 đến 8 Ka BP.[6] Những kết luận này phù hợp với thuyết một nguồn gốc của loài người, hay mô hình Out-of-Africa (Xem: Các đường phát tán loài người tại Nhóm đơn bội)

Một số nghiên cứu gần đây cho thấy rằng tất cả con người bên ngoài châu Phi thừa kế một số gen từ người Neanderthal, và rằng Melanesia là người hiện đại được biết đến là có tổ tiên thời tiền sử có lai giống với Hominin Denisova[lower-alpha 2], chia sẻ 4% - 6% hệ gen với người anh em họ xưa của người Neanderthal. Nghiên cứu công bố tháng 5/2010 thì cho rằng bộ gen này có khoảng 4,8 ± 0,5 % gen Denisova, và 2,5 ± 0,6 % gen người Neanderthal[7].